De la crearea Pieţei Unice Europene la 1 ianuarie 1993, circulaţia mişcărilor intracomunitare a produselor accizabile în regim suspensiv și ulterior cu accize plătite în statul membru de expediție poate avea loc numai între operatori economici autorizaţi şi trebuie să fie însoţită de documentul administrativ de însoţire e-DA sau e-DAS, după caz, precum şi de o garanţie care să confere o siguranţă financiară deplasării, garanţie ce va fi eliberată atunci când produsele ajung la destinaţie. Sistemul are rolul de a monitoriza mişcarea produselor accizabile pentru a se asigura plata accizei în Statul Membru unde produsele sunt eliberate în consum, cu respectarea în acelaşi timp a principiului liberei circulaţii în Piaţa Internă. Înainte de 1993, aceste mişcări erau monitorizate prin controale vamale la frontierele dintre Statele Membre.

Datorită înaltului nivel de fraudare cu aceste produse, a nivelului diferit de impozitare din Statele Membre şi concomitent, a scăderii veniturilor naţionale provenite în special din tutunuri şi alcool, Consiliul ECOFIN al ministerelor economice şi de finanţe din Statele Membre a aprobat pe 19 Mai 1998, raportul Grupului de Înalt Nivel pentru înfiinţarea unei legături electronice între comercianţi prin administraţiile fiscale/vamale ale Statelor Membre, care a devenit cunoscută sub numele de EMCS. Pentru a evalua implicaţiile introducerii unui sistem atât de complex, Comisia a iniţiat un studiu de fezabilitate în perioada 1999-2000, completat de un Addendum în 2003. Principala concluzie a studiului de fezabilitate a fost că informatizarea şi înlocuirea DAI cu un mesaj electronic sunt cerințe fezabile.

Decizia nr. 1152/2003/EC a Parlamentului European şi a Consiliului, din 16 iunie 2003, înlocuită ulterior cu Decizia 263 A PARLAMENTULUI EUROPEAN ȘI A CONSILIULUI din 15 ianuarie 2020 privind informatizarea circulației și a controlului produselor accizabile (reformare),  au oferit o bază legală pentru dezvoltarea EMCS.

În 2004, un Grup de reflexie, alcătuit din reprezentanţii a opt State Membre, a analizat cerinţele EMCS şi a stabilit orientarea generală.

EMCS a fost introdus în mai multe etape și suportă corecții (în principiu), la fiecare doi ani:

Faza 0 a cuprins sprijin operaţional, menţinerea şi îmbunătăţirea sistemelor existente utilizate în domeniul accizelor, până la faza de exploatare a EMCS. Faza 0 a avut drept stop verificarea alinierii sistemelor existente cu obiectivul general al EMCS.

Faza 1 a cuprins lansarea Proiectului de dezvoltare şi derulare a Domeniului Comun şi aplicaţiilor naţionale EMCS în UE (ECP) şi elaborarea Specificaţiilor de Sistem ale EMCS (SSE).

Fazele 2 (2005-2011) şi 3 (2008-2013) sunt faze de dezvoltare şi implementare, care se referă la proiectarea detaliată a aplicaţiei naţionale de accize, dezvoltarea aplicaţiei centrale, precum şi fazele de implementare.

- Faza 2 se concentrează pe funcţionalităţile esenţiale necesare pentru a asigura introducerea cu succes a EMCS;

- Faza 3 face legătura cu procedurile vamale (cum ar fi deplasarea în regim suspensiv a produselor accizabile de la locul de import la un antrepozit fiscal) şi va extinde gama de posibilităţi oferite de administraţiile fiscale/vamale. 

- Faza 4 cuprinde cererile de modificări (RFC) care urmează să fie aplicate Fazei 3.4 prin adăugarea informatizării procedurilor B2B (mișcări cu accize plătite). Actualizează registrul SEED prin adăugarea destinatarilor certificați și a expeditorilor certificați și implementează opțiunea de ștergere a înregistrărilor comercianților. Începând cu data de 01.01.2023 va fi stabilită o nouă structură ARC ( nu se mai folosi valoarea „P” în poziția 20 a ARC pentru mișcările aflate în regim suspensiv de accize, ci numai pentru mișcări cu accize plătite în statul membru de expediție).

- Faza 4.1 cuprinde cererile de modificări (RFC) care urmează să fie aplicate fazei 4.0 și orice nouă funcționalitate aprobată de Comitetul pentru accize în conformitate cu cadrul legal în vigoare. Implementează alinierea cu sistemul automat de export (AES)  în producție.

- Faza 4.2 cuprinde cererile de modificări (RFC) care urmează să fie aplicate fazei 4.1 și orice nouă funcționalitate aprobată de Comitetul pentru accize în conformitate cu cadrul legal actual. În plus, dacă toate condițiile prealabile (de exemplu, validarea inițiativei și adoptarea legislației aferente de către instituțiile UE) sunt îndeplinite, faza 4.2 ar putea acoperi modificări mai substanțiale. Aceasta ar putea include, de exemplu, sprijinirea simplificărilor bazate pe ghișeul unic pentru vânzările la distanță de produse accizabile.

Nota:
Datele planificate sunt orientative şi pot fi modificate în funcţie de calendarul stabilit de Comisia Europeană.